当センターでは、約70の共用機器を共用機器室に設置し、機器および機器室の予約・料金徴収・更新、ならびに消耗品補充やシステム化を通じて、運用・管理しています。
特に、薬学・ライフサイエンス分野に特徴的な機器を多数所有しています。
約25の共用機器が、本部学舎1F、4Fの共用機器室等に設置されています。
約45の共用機器が、本部学舎5-7Fの共用機器室に設置されています。
共用機器の多くは、岐阜市大学西の岐阜薬科大学本部に、一部は三田洞キャンパスに設置されています。